Στο Yaiba: Ninja Gaiden Z, αναλαμβάνετε το ρόλο του ισχυρού Ninja Yaiba Kamikaze και σκοπός σας είναι να εξολοθρέυσετε ορδές απο ζόμπι, με υπέρτατο στόχο να εκδικηθείτε τον Ryu Hayabusa!

• Ο Yaiba ήταν μέλος μιας Clan όπου τέσταρε τις δυνατότητες των μαθητών του βάζοντας τους να αναμετρηθούν με ολοένα δυσκολότερους αντιπάλους, μέχρι και τον ίδιο! Στην πορεία όμως άρχισε να βαρίεται με τους αδύναμους μαθητές του και αποφάσισε να τους σφάξει όλους! Σε κάποιο σημείο έρχεται αντιμέτωπος με τον γνωστό ήρωα της σειράς Ryu Hayabusa και τον οποίο θεώρησε τον πιο έυκολο αντίπαλο που είχε συναντήσει. Κατα την διάρκεια της μάχης θα διαψευθεί καθώς ο Ryu Hayabusa θα του στερήσει το αριστερό του χέρι και το ένα του μάτι!
• Ο Yaiba θα ανακαλύψει έναν μυστήριο οργανισμό ο οποίος θα τον αποκαταστήσει με μηχανικά μέλη! Τότε χτυπάει η μόλυνση με ατελείωτες ορδές απο ζόμπι! Ο Yaiba αποφασίζει να συνεργαστεί με αυτον οργανισμό για να βάλει ένα τέλος στην μόλυνση και ταυτόχρονα να πάρει την εκδίκηση του απο τον Ryu Hayabusa!