To έτος 2099 ο επιστήμονας Walter Sloan της Alchemax επιδιώκει να κερδίσει εξουσία και χρήματα κάνοντας ένα ταξίδι  πίσω στον χρόνο προκειμένου να χρησιμοποιήσει τις γνώσεις του για το μέλλον της τεχνολογίας ώστε να φέρει την Alchemax πολύ μπροστά στον τομέα αυτό.

Το σχέδιο έχει ως αποτέλεσμα το μέλλον του 2099 να φέρει την Alchemax να κυριαρχεί στον κόσμο και να διοικεί με σιδηρά πυγμή.
Ο Miguel O’Hara (Spiderman 2099) γνωρίζει το συγκεκριμένο σχέδιο και διαπιστώσει ότι οι συγκεκριμένες ενέργειες του Walter Sloan δεν είναι μόνο υπεύθυνες για τις αλλαγές στο χρόνο αλλά και για τον θάνατο του Peter Parker (Spiderman) από τα χέρια του Anti-Venom.
O Miguel θα προειδοποιήσει τον Peter και οι δυο τους θα συνεργαστούν ώστε να σώσουν το μέλλον και την ζωή του Peter Parker.

• Παίξτε είτε ως Spiderman 2099 είτε ως Amazing Spiderman
• Νέες μοναδικές κινήσεις για τον Amazing Spiderman
• Νέες τεχνολογικές βελτιώσεις για τον Spiderman 2099
• 2 διαφορετικοί κόσμοι εξελίσσονται παράλληλα και οι ενέργειες του κάθε Spiderman επηρεάζουν τον κόσμο του άλλου.
• Τεχνολογία “Picture in Picture” όπου οι παίχτες θα μπορούν να βλέπουν σε πραγματικό χρόνο τις επιπτώσεις των 2 κόσμων.