Το A Crack in Time ξεκινάει ακριβώς εκεί που μας άφησε το Quest for Booty, με τον Ratchet να γνωρίζει πλέον πως υπεύθυνος για την εξαφάνιση του Clank είναι ένας “φίλος” από τα παλιά, ο γνωστός σε όλους μας από το Up Your Arsenal, Dr. Nefarious.