Ο παίκτης, σαν θαρραλέος πολεμιστής που είναι, καλείται να αντιμετωπίσει τις στρατιές του Lord Bane (και εντέλει τον ίδιο) για να αποκαταστήσει την τάξη και την ειρήνη στην Etheria. Ο παίκτης επιλέγει έναν τύπο μαχητή και ακολούθως ξεκινάει μια σειρά από αποστολές, σε κάθε μια από τις οποίες έρχεται αντιμέτωπος και με κάποιον πολεμιστή ή τέρας. Το Puzzle Quest: Challenge of the Warlords, όπως άλλωστε προδίδει κι ο τίτλος του, είναι ένας τίτλος γρίφων, στον οποίο οι "μάχες" διεξάγονται σε έναν πίνακα γεμάτο με πετράδια διαφόρων χρωμάτων. Σκοπός του παίκτη είναι μετακινεί ένα πετράδι κάθε φορά και να ταιριάζει τρία ή περισσότερα από τα πετράδια με το σχήμα κρανίου, για να μειώνει την μπάρα της ζωής του αντιπάλου του. Το παιχνίδι παίζεται με εναλλαγή γύρων, που σημαίνει ότι μόλις ο παίκτης σκεφτεί με την άνεσή του και κάνει την κίνησή του, ακολουθεί ο αντίπαλος με την δική του κίνηση. Εξίσου μεγάλη απόλαυση θα αποτελέσει και το Multiplayer κομμάτι του τίτλου (στους υπολογιστές γίνεται μέσω δικτύου ή Internet και στις φορητές κονσόλες μέσω ασύρματου δικτύου). Η αναμέτρηση με έναν φίλο είναι πάντα μια ξεχωριστή υπόθεση και ο νους των πιο παλιών θα πάει σίγουρα στο "Super Puzzle Fighter II Turbo" και στις επικές μάχες μεταξύ δύο παικτών. Αν και το Puzzle Quest είναι ελαφρώς διαφορετικό (οι κινήσεις σε αυτό γίνονται εναλλάξ και δεν υπάρχει η φρενίτιδα του εκπληκτικού τίτλου της Capcom), οι μάχες του είναι το ίδιο επικές.