Το Guerrilla λαμβάνει χώρα 50 χρόνια μετά το αρχικό Red Faction και στον πλανήτη Άρη, ο οποίος έχει υποστεί τεχνητή "γαιοποίηση" (terraforming). Οι ανθρακωρύχοι βρίσκονται σε αντιπαλότητα με την Earth Defense Force (EDF), επειδή η τελευταία, με την τεράστια δύναμη που έχει αποκτήσει, υποχρεώνει και εξαναγκάζει τους ανθρώπους να δουλεύουν για προσωπικό της όφελος. Εσείς, αναλαμβάνετε τον ρόλο του Alec Mason, ενός ανθρακωρύχου και παράλληλα μέλους της επαναστατικής οργάνωσης "Red Faction", ο οποίος μαζί με τα υπόλοιπα μέλη θα πολεμήσει για την ελευθερία του και όχι μόνο...