14 μήνες έχουν περάσει από τότε που η New York Zero μολύνθηκε και μετατράπηκε σε εμπόλεμη ζώνη. Υπεύθυνος είναι ο Alex Mercer ο οποίος έχει γίνει πλέον φόβητρο και η σκιά του δεσπόζει την πόλη. Στο νέο Prototype 2 αναλαμβάνετε τον ρόλο του Sgt. James Heller, ενός βετεράνου στρατιώτη που η ζωή του καταστράφηκε όταν ο Mercer ελευθέρωσε τον θανατηφόρο ιόBlacklight σκοτώνοντας την γυναίκα και την κόρη του. Τώρα υπηρετεί στον στρατό και προσπαθεί να μην αφήσει τον ιό να ξεφύγει από την New York Zero. Ο Heller επιθυμεί να πεθάνει και να πάρει μαζί του όσους περισσότερους μολυσμένους μπορεί αλλά στην τελευταία στρατιωτική αποστολή όλη η μονάδα του θα σφαγιαστεί από μια ομάδα μολυσμένων αφήνοντας τον ως τον μοναδικό επιζώντα και θα το φέρει αντιμέτωπο με τον Alex Mercer τον άνθρωπο που ευθύνεται για τον θάνατο της οικογένειας του , της πόλης του ,της ζωής του. Γεμάτος οργή ο Heller επιτίθεται στον Mercer αλλά οι ικανότητες του δεν είναι ίδιες με εκείνες του Mercer. Ο Mercer εντυπωσιάζεται από την ικανότητα του Heller να επιβιώνει και τον βλέπει πλέον ως ένα πολύτιμο στοιχείο για το μεγάλο του σχέδιο να τον μολύνει και να κάνει τον Heller πρωτότυπο του.

Η Human Wrecking Ball δύναμη σας επιτρέπει να δώσετε μια κλωτσιά στον εχθρό σας η οποία θα τον μετατρέψει σε μια ανθρώπινη μπάλα και θα εκραγεί καταστρέφοντας όλους τους εχθρούς που βρίσκονται κοντά

Το RADNET edition περιλαμβάνει:

• Έναν κωδικό που δίνει πρόσβαση στο δίκτυο της RADNET.
• 55 δωρεάν τεμάχια extra υλικού θα παρέχονται για 7 εβδομάδες μετά την κυκλοφορία του παιχνιδιού.
• Κάθε εβδομάδα θα υπάρχει και μια καινούργια πρόκληση και κάθε φορά που θα ολοκληρώνεται ο παίχτης θα κερδίζει διάφορα δώρα όπως επιπλέον μεταλλάξεις για τον χαρακτήρα σας, ντοκιμαντέρ από τα παρασκήνια , αλλά και άλλο cool υλικό όπως XBOX “Avatars” και PS3 “Dynamic Themes” που συνδέονται με το Prototype 2.
• Όσοι συμμετέχουν σε όλες τις εβδομαδιαίες προκλήσεις και εκδηλώσεις της RADNET θα ξεκλειδώσουν την απόλυτη μεταλλαγή η οποία θα γίνει γνωστή τον Μάρτιο.