Η μεταφορά από την επιτυχημένη σειρά βάζει τους παίχτες στον ρόλο του δυναμικού πράκτορα της οργάνωσης The Company, Tom Paxton και καλούνται να αποκαλύψουν το μυστικό του πρωταγωνιστή της τηλεοπτικής σειράς Michael Scofield, ενός άνδρα χωρίς εγκληματικό παρελθόν που βρίσκεται ξαφνικά ένοχος για τη ληστεία μιας τράπεζας.

Μέσα από ένα σενάριο που ακολουθεί παράλληλα τα γεγονότα του πρώτου κύκλου του Prison Break, οι παίκτες θα διεισδύσουν στην φυλακή Fox River State Penitentiary όπου θα αντιμετωπίσουν μια σειρά από εχθρούς και εμπόδια με σκοπό να συλλέξουν τα στοιχεία που θα τους οδηγήσουν στην λύση του αινίγματος.