Έτος 2047. Ο Prophet βρίσκεται σε μια αποστολή εκδίκησης μετά την αποκάλυψη των πραγματικών κίνητρων της Cell Corporation πίσω από την κατασκευή των αποκλεισμένων Nanodomes. Η επίσημη ανακοίνωση ήταν ότι αυτές οι τεράστιες κατασκευές θα προστάτευαν τους πολίτες και θα καθάριζαν τις πόλεις από τα απομεινάρια των δυνάμεων των Ceph. Στην πραγματικότητα τα Nanodomes είναι μέρος του σχεδίου της CELL για απόκτηση τεχνολογίας και γης, με απώτερο σκοπό την παγκόσμια κυριαρχία. Με τους εξωγήινους Ceph να παραμονεύουν σε κάθε γωνιά και τους γήινους εχθρούς να επιτίθενται απρόσμενα, κανείς δεν είναι ασφαλής. Όλοι είναι στόχοι καθώς ο Prophet παίρνει την εκδίκηση του.

• Προηγμένος Οπλισμός. Οι μάχες στο Crysis 3 Hunter Edition απαιτούν ειδικό οπλισμό. Μερικές από τις καλύτερες τακτικές σας θα υποστηρίζονται από οπλισμό νέας γενιάς που θα μπορείτε να τροποποιήσετε.
• Αξιολόγηση. Προσαρμογή. Επίθεση. Οι αμέτρητοι τρόποι που μπορείτε να προσαρμόσετε την ΝΑΝΟ-στολή σας, σας καθιστούν έναν αμείλικτο τεχνολογικό κυνηγό.
• Θεαματικά Περιβάλλοντα. Ένα βίαιο οικοσύστημα αναπτύσσεται μέσα στις επτά περιοχές του Liberty Dome, γνωστές ως "Τα Επτά Θαύματα"..