Το Nintendo 3DS περιλαμβάνει δύο οθόνες. Η κάτω, η οθόνη αφής, χρησιμοποιείται μέσω ενός τηλεσκοπικού stylus, το οποίο αποθηκεύεται στη συσκευή. Η πάνω οθόνη είναι ευρείας απεικόνισης και σας δίνει τη δυνατότητα να βλέπετε 3D εικόνες.

Μερικά από τα βασικά χαρακτηριστικά της νέας κονσόλας είναι:

• Η επάνω οθόνη παρουσιάζει εικόνες 3D χωρίς τη χρήση ειδικών γυαλιών και έχει την ικανότητα να μεταβάλει ή να απενεργοποιεί το εφέ 3D μέσω του δρομέα εύρους 3D.
• Τρεις κάμερες, μια εσωτερική και δύο εξωτερικές , οι οποίες έχουν τη δυνατότητα λήψης 3D φωτογραφιών.
• Νέες προσθήκες όπως ο γυροσκοπικός μοχλός (Circle Pad),ο αισθητήρας κίνησης (motion sensor) και το γυροσκόπιο (gyro sensor)
• Η λειτουργία SpotPass σας επιτρέπει να εντοπίζετε ασύρματα hotspots ή ασύρματα οικιακά δίκτυα και να σας ενημερώνει με νέο υλικό, δεδομένα, βίντεο ακόμη και όταν το σύστημα είναι σε κατάσταση αναμονής.
• Η λειτουργία StreetPass σας επιτρέπει να ανταλλάσσετε δεδομένα αυτόματα με άλλους χρήστες συστημάτων Nintendo 3DS που βρίσκονται κοντά σας, ακόμη και όταν η συσκευή είναι σε κατάσταση αναμονής.
• Με ενσωματωμένο λογισμικό όπως η Nintendo 3DS Camera, το Nintendo 3DS Sound, το Mii Maker, το StreetPass, το Mii Plaza, τα AR Games,το Activity Log, το Face Raiders και πολλά ακόμη!
• Μέσω του Nintendo eShop μπορείτε να παρακολουθήσετε trailers, βαθμολογίες software και να κάνετε αγορά παιχνιδιών.
• Ο γονικός έλεγχος επιτρέπει στους γονείς να περιορίσουν το περιεχόμενο των παιχνιδιών βάσει της αξιολόγησης καταλληλότητας περιεχομένου (Pegi) καθώς και  λειτουργίες όπως η ασύρματη σύνδεση, η 3D λειτουργία και άλλα.