Το Killzone2 μας μεταφέρει δύο χρόνια μετά την επίθεση των Helghast στον πλανήτη Vekta. Πλέον η ISA μεταφέρει την μάχη στον πλανήτη των εχθρών της, στον κόσμο του Helghan. Ο στόχος της ISA είναι αδιαπραγμάτευτος. Σύλληψη του ηγέτη των Helghast -του Αυτοκράτορα Visari- και διάλυση της πολεμικής μηχανής των Helghast.

Παίρνοντας τον ρόλο του Sev, ενός σκληραγωγημένου βετεράνου του πολέμου και μέλους της ειδικής ομάδας γνωστή ως "Legion", οι παίκτες θα οδηγήσουν μια ομάδα από κορυφαία εκπαιδευμένους στρατιώτες σε μια αποστολή εξάλειψης της απειλής των Helghast.