Βρισκόμαστε στο 1946 και οι Ναζί έχουν σχεδόν κερδίσει τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο. Σε μια απέλπιδα προσπάθεια να αλλάξει την έκβαση του Πολέμου, ο B.J. Blazkowicz θα εμπλακεί σε μια επική αποστολή που χωρίζεται σε 2 μέρη στα βάθη της Βαυαρίας…

1ο μέρος (Rudi Jäger and the Den of Wolves): Ο B.J. Blazkowicz προσπαθεί να εισχωρήσει στο Castle Wolfenstein και να κλέψει τις συντεταγμένες που οδηγούν στο στρατόπεδο του Στρατηγού Deathshead.

2ο μέρος (The Dark Secrets of Helga Von Schabbs): Ο B.J. Blazkowicz στην προσπάθεια του να βρει τις συντεταγμένες για το στρατόπεδο του Στρατηγού Deathshead, θα βρεθεί στην πόλη Wulfburg όπου θα κληθεί να αντιμετωπίσει έναν διεστραμμένο αρχαιολόγο των Ναζί, ο οποίος είναι έτοιμος να εξαπολύσει μια αρχαία και σκοτεινή δύναμη…