Οι πολιτικές εντάσεις σε παγκόσμιο επίπεδο είναι σε οριακό σημείο, όταν ένα εμπορικό αεροπλάνο καταρρίπτεται από έναν πύραυλο των ΗΠΑ πάνω από την Ανατολική Ευρώπη. Η κυβέρνηση της Αμερικής, όμως, ισχυρίζεται ότι δεν έχει καμία συμμετοχή και στέλνει τον ειδικό πράκτορα Μάικλ Θόρντον για να διερευνήσει την υπόθεση και να στείλει τους υπεύθυνους στη δικαιοσύνη». Εμπνευσμένο από τις περιπέτειες του Τζέιμς Μποντ και του Τζέισον Μπορν, το Alpha Protocol είναι το πρώτο RPG κατασκοπείας. Οι δημιουργοί του Star Wars: Knights of the Old Republic 2 και του Neverwinter Nights 2, υπόσχονται ένα RPG με τρομερό βάθος, απέραντο κόσμο, απόλυτη ελευθερία και ανάπτυξη χαρακτήρα. Το βασικό χαρακτηριστικό του παιχνιδιού θα είναι η πληθώρα επιλογών στην αντιμετώπιση καταστάσεων και σε όλες τις σημαντικές αποφάσεις.