Το Prototype είναι ένα παιχνίδι δράσης τρίτου προσώπου που επιτρέπει στους παίκτες να γίνουν το απόλυτο "shape-shifting" όπλο. Οι παίκτες αναλαμβάνουν το ρόλο του Alex Mercer, ένα γενετικά μεταλλαγμένο άνδρα, χωρίς μνήμη, άλλα που διαθέτει "shape-shifting" δυνατότητες. Ο Alex προσπαθεί να ανακαλύψει ποιοι τον δημιούργησαν και είναι αποφασισμένος να τους τιμωρήσει. Ως Alex, οι παίκτες θα δράσουν σε μία σύγχρονη και πυκνά εποικημένη Νέα Υόρκη και θα καταστρέψουν οποιονδήποτε θα τους σταθεί εμπόδιο, ταυτόχρονα κλέβοντας την ταυτότητα, την μνήμη και τις ικανότητές τους.